Skalnaté svahy údolí jsou porostlé obvykle suťovými lesy. Skály pokrývají bohaté mechové polštáře. Ve skalních spárách rostou druhy uzpůsobené těmto zvláštním životním podmínkám – tzv. petrofyty.

V Jindřišském území jsou petrofyty obvykle drobné kapraďorosty – sleziník červený a severní. 

Svahy údolí jsou pro svou obtížnou přístupnost místy, která jsou nejméně dotčena lidskou činností. Zachovaly se na nich přirozené lesní porosty, ve kterých dochází k přirozenému rozpadu lesa.

Přirozený Rozpad Lesa

Odumřelé dřevo, které se na zemi pomalu rozkládá, hostí bohatá společenstva hub, bakterií a hmyzu. Těmto skupinám organismů je dosud v naší ochraně přírody věnována mizivá péče a ochrana i přesto, že jsou nepostradatelnými složkami lesního prostředí. Přitom bez rozkladné činnosti hub by nebyla existence lesa vůbec možná. Houby a bakterie jsou totiž schopny rozkládat odumřelou rostlinnou hmotu a převádět ji na jednoduché látky, které pak následně rostliny opět využívají pro svůj růst. 

Ptačí Obyvatelé Skalnatých Svahů 

Stojící pahýly využívají ptáci hnízdící v dutinách stromů. Mezi známé ptáky dutin patří datel černý, kterého můžete v Jindřišském údolí také spatřit. Holé skalky využívá k hnízdění například výr velký. Jeho nejbližší známé hnízdo (vzdálené odsud několik kilometrů) však bývá pravidelně ničeno lidmi, kteří zřejmě nechápou úlohu dravých ptáků v přírodě.